【提供北京专业空间转录组测序肿瘤实验外包技术服务】
空间转录组测序是从空间层面上解析RNA-seq数据的技术,从而解析单个组织切片中的所有mRNA,从而能够定位和区分功能基因在特定组织区域内的活跃表达。空间转录组测序实验技术服务在肿瘤研究、免疫研究、发育生物学、脑神经学、病理研究等方面极为重要。空间转录组测序可用于肿瘤微环境、肿瘤异质性、肿瘤发生发展、肿瘤浸润淋巴细胞的研究,在空间位置上研究肿瘤组织与癌旁组织的区别,肿瘤细胞侵润过程中肿瘤细胞的变化对正常细胞的影响,肿瘤转移的不同过程阶段等,空间位置的研究对于探索肿瘤的机制至关重要。
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病理学
通过添加基因表达维度,得出形态学结论
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免疫学
免疫细胞浸润、免疫细胞中的基因表达特征
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发育生物学
发现组织背景中与形态形成有关的基因
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神经科学
绘制大脑的各个细胞层、区分正常与患病的大脑解剖特征
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肿瘤学
肿瘤微环境、肿瘤异质性、病程进展、癌症形态、肿瘤浸润淋巴细胞
1、对新鲜冷冻组织进行切片,并进行成像。
2、将组织切片放置在含有与RNA结合捕获探针的载玻片上,并进行固定和透化(使细胞中的mRNA得到释放,并结合到相应的捕获探针上,从而获取基因表达信息)。
3、以捕获的RNA为模板进行cDNA合成和测序文库制备。
4、对制备好的文库进行测序。
5、数据可视化分析(确定哪些基因得到表达,基因表达量,以及这些基因的空间位置信息)。
10X GENOMICS空间转录组技术原理
10x Genomics空间转录组用于文库构建的每张载玻片上有四个捕获区域,每个捕获区域的大小为6.5×6.5mm,包含5000个被条形码标记的点(barcoded spots),每个点的直径为55 μm,点和点之间中心的距离为100 μm,并且每个点都有一个唯一的barcode序列。
组织切片的细胞中会释放出mRNA,迁移到每个spot的mRNA会被标记上相应的barcode序列,然后进行文库构建并进行测序。
最后,根据数据的条形码信息对数据进行分析,以确定哪些数据来自哪个位置,从而实现空间基因表达的可视化。
空间转录组测序实验技术服务优势
★完善的平台
具有冷冻切片机、超高分辨率显微镜、10x Genomics Visium等服务平台;
★专业的实验团队
具有医学、病理学、分子生物学等专业技术经验;
★精湛的切片技术
已进行多类型样本的组织切片及染色操作,均可达到后续实验操作标准;
★高通量、高灵敏度及高分辨率的检测
每个芯片点阵包含近5000个spots,每个spot可以检测几千个基因;
★无偏的结果
特殊UMI的设计,避免反转录偏好性造成的误差,降低偏倚性;
★一站式的服务
可提供组织切片、染色、组织透化、文库构建、测序到数据分析、结果可视化的一站式服务。