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微生物多样性测序是基于第二代高通量技术对16S rRNA/18S rRNA/ITS等基因序列进行测序，能同时对样品中的优势物种、稀有物种以及一些未知的物种进行检测，获得样品中的微生物群落组成以及它们之间的相对丰度。探讨微生物多样性对于研究微生物与环境的关系、环境治理和微生物资源的利用有着重要的理论和现实意义。
微生物多样性测序
微生物多样性测序是对环境样品中的DNA进行特定长度的PCR产物进行测序的分析。细菌（16S rDNA）、真菌（18S/ITS）、功能基因等基因的扩增子测序能同时对优势物种、稀有物种和一些未知物种进行检测，精准解析微生物在种属水平上的组成和丰度情况。是当前对环境微生物多样性及群落组成差异的重要技术手段。
细菌微生物多样性
16S rDNA测序：16S rDNA为编码原核核糖体小亚基 rRNA的DNA序列。具有10个保守区和9个高变区。保守区反映生物物种间的亲缘关系，可变区反映物种间的差异。对16S rDNA某个高变区进行测序，用于研究环境微生物中的群落结构多样性。
真菌微生物多样性
18S rDNA测序：18S rDNA为编码真核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列。18S rDNA也包含可变区和保守区。对18S rDNA某个高变区进行测序，用于研究环境样本中真核微生物群落结构多样性。
ITS1测序：ITS分为两个区域：ITS1和ITS2。ITS区域进化速率是18S rDNA的10倍之多。对ITS1和ITS2进行测序，用于研究环境样本中真核微生物群落结构多样性。
功能基因多样性
功能微生物是在自然界中由于其功能的重要性而受到广泛关注的一类微生物，如硝化细菌、反硝化细菌、氨氧化细菌、硫酸盐还原菌、固氮菌等。功能微生物在分类学上可能有很大的不同，但却具有相似的基因使其能够发挥同样的功能，因此使这些功能细菌发挥这种特定功能的基因就称为功能基因，如AOA、AOB、nifH等。
功能基因测序，作为一类特殊的微生物扩增测序项目，是根据复杂环境中具有特殊功能的微生物基因序列设计引物，用该引物进行PCR扩增，建库后进行高通量测序。功能基因测序可有效研究特定环境中的功能微生物物种信息，包括：功能微生物功能差异、分类和丰度等，并与每个采样点的环境因子相结合，可以同时分析环境因子与功能细菌群落结构的关系，因此对复杂环境中的微生物构成研究有重要的指导作用。
生物多样性检测较为的常用样品包括哪些作简要阐述：
1.各类食品
各类食品是微生物多样性检测实验应用较高的一类检测样品。因为食品中既包含蛋白质、糖类等营养成分，同时也包括病毒、细菌、真菌等多类微生物，从不同食品中取样研究微生物的多样化，便于为后续食品的制造与保藏提供重要参考。
2.药品
微生物多样性检测还有助于挖掘更多的微生物类药物。因为部分微生物药物的来源是取自微生物初级代谢产物，事实上许多的药品都是通过分析代谢产物的病因，并且基于代谢产物的基因序列研发各类免疫药物，因此实施药品微生物检测技术对于促进药学领域的发展具有非常重大的意义。
3.土壤
据相关调查反馈土壤也是微生物多样性检测中频繁使用的一类检测样品。通过对土壤微生物的取样研究便于了解农作物适于生存的环境，以及不同种类农作物对于土壤环境的要求，另外通过土壤微生物检测还便于发现土壤中温度、湿度、通气状况等对于微生物成长状况的影响。
微生物多样性检测技术的广泛应用便利于提升产品的品质以及提升人类的健康。这也是划算的微生物多样性检测技术在市场赢得广泛认可的重要原因之一，而适于进行微生物多样性检测的样品除了各类食品、药品以及土壤外，还可以是饲料、肥料等其它类别的产品。
微生物多样性测序中的差异分析所针对的“目标”有很多，无论从OTU、alpha多样性指数（如香浓指数）、样本间距离差异（如unifrac）、各水平物种分类（如门纲目科属种）都可以做组间差异分析，从而找到组间差异的重要biomarker。
非参和有参两种检验方法
选择有参检验方法还是非参检验方法，重要标准就是看我们数据总体分布是否符合正态分布和方差齐性。这个可以使用Shapiro-Wilk test（p>=0.05 正态分布，p<0.05 非正态分布）检验数据是否符合正态分布，用Levene's test检验方差齐性（p>=0.05 方差齐，p<0.05 方差不齐）；来决定是用参检验法还是用非参检验方法；
参数检验：即总体分布类型已知，用样本指标对总体参数进行推断或作假设检验的统计检验方法，要求：方差齐性、正态分布。如T检验（两组之间比较差异），ANOVA（多组之间比较分析差异）等
非参数检验：即不考虑总体分布类型是否已知，不比较总体参数，只比较总体分布的位置是否相同的统计方法，要求：总体分布不易确定（即不知道是不是正态分布）分布呈非正态而无适当的数据转换方法等级资料。如Metastats，Wilcoxon rank sum test，Welch’s t-test等（两组之间比较找差异），多组之间比较用（Kruskal-Wallis） 。
一般地，微生物多样性分析中，样本群落分布不确定，多采用非参数检验。
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